Makmal Patologi Oral telah ditubuhkan pada tahun 2013. Pada awal penubuhannya, makmal ini dikenali sebagai Makmal Sains Kraniofasial (MSK) yang terbahagi kepada dua bahagian: iaitu perkhidmatan diagnostik patologi oral dan penyelidikan. Bermula tahun 2013, bahagian perkhidmatan diagnostik telah diwujudkan secara berasingan di bawah sistem pengurusan kualiti yang baru dan dikenali sebagai Makmal Patologi Oral, manakala bahagian penyelidikan kekal dengan nama Makmal Sains Kraniofasial.
Perkhidmatan diagnostik yang ditawarkan sejak penubuhannnya adalah perkhidmatan Histopathological Examination (HPE) dan merupakan sebahagian daripada perkhidmatan makmal perubatan, Hospital Universiti Sains Malaysia (Hospital USM). Makmal Patologi Oral telah menerima akreditasi MS ISO 15189:2014 (Medical Laboratories – Requirements for quality and competence) dari Jabatan Standard Malaysia (DSM) sejak tahun 2014. Bermula 1 Mac 2024, Makmal Patologi Oral bersama-sama Makmal Perubatan Hospital USM yang lain sedang dalam proses transisi ke MS ISO 15189:2022 (versi baru).
